MotoGP 第16戦日本GPの公式予選た10月20日(土)にツインリンクもてぎで行われ、アンドレア・ドヴィツィオーゾ(ドゥカティ)がポールポジションを獲得した。気温20度、路面温度29度のドライコンディションの中、アンドレア・ドヴィツィオーゾは1分44秒590をマーク。第10戦チェコGP以来今季2度目、最高峰クラスで7度目、当地で14年以来4年ぶり4度目、キャリア通算20度目のポールポジションを獲得した。
2番手には0.068秒差でヨハン・ザルコ(ヤマハ・ハッテ3)が続き、第5戦フランスGP以来今季5度目の1列目を獲得。3番手には0.137秒差でジャック・ミラー(アルマ・プラマック)が入り、第13戦サンマリノGP以来今季3度目の1列目に進出した。2列目にはカル・クラッチロー(LCR・ホンダ)、アンドレア・イアンノーネ(スズキ)、マルク・マルケス(レプソル・ホンダ)、3列目にはマーベリック・ビニャーレス(モビスター・ヤマハ)、アレックス・リンス(スズキ)、バレンティーノ・ロッシ(モビスター・ヤマハ)が並ぶ。中上貴晶(LCR・ホンダ))は、公式予選1で2番手を獲得して公式予選2に進出し12番グリッドを獲得。中須賀克行(ヤマハ・ファクトリー・レーシング)は20番グリッドから決勝をスタートする。2018年 MotoGP 第16戦 日本GP 公式予選 結果順位No.RiderTeamTime14アンドレア・ドヴィツィオーゾドゥカティ・チーム1分44秒59025ヨハン・ザルコモンスター・ヤマハ・テック31分44秒658343ジャック・ミラーアルマ・プラマック・レーシング1分44秒727435カル・クラッチローLCR・ホンダ・カストロール1分44秒820529アンドレア・イアンノーネチーム・スズキ・エクスター1分44秒832693マルク・マルケスレプソル・ホンダ・チーム1分44秒889725マーベリック・ビニャーレスモビスター・ヤマハ MotoGP1分45秒140842アレックス・リンスチーム・スズキ・エクスター1分45秒225946バレンティーノ・ロッシモビスター・ヤマハ MotoGP1分45秒2651019アルバロ・バウティスタアンヘル・ニエト・チーム1分45秒3961126ダニ・ペドロサレプソル・ホンダ・チーム1分45秒5191230中上貴晶LCR・ホンダ・イデミツ1分45秒1681338ブラッドリー・スミスレッドブル・KTM・ファクトリー・レーシング1分45秒7221444ポル・エスパルガロレッドブル・KTM・ファクトリー・レーシング1分45秒742159ダニロ・ペトルッチアルマ・プラマック・レーシング1分45秒7591655ハフィス・シャーリンモンスター・ヤマハ・テック31分45秒7651721フランコ・モルビデリエストレージャ・ガルシア・0,0・マーク・VDS1分45秒9691817カレル・アブラハムアンヘル・ニエト・チーム1分46秒0721941アレイシ・エスパルガロアプリリア・レーシング・チーム・グレシーニ1分46秒1832089中須賀克行ヤマルーブ・ヤマハ・ファクトリー・レーシング1分46秒4412145スコット・レディングアプリリア・レーシング・チーム・グレシーニ1分46秒5712210ザビエル・シメオンレアーレ・アビンティア・レーシング1分46秒5732312トーマス・ルティエストレージャ・ガルシア・0,0・マーク・VDS1分46秒8172450シルバン・ギュントーリチーム・スズキ・エクスター1分47秒1062581ジョルディ・トーレスレアーレ・アビンティア・レーシング1分47秒147