2021年 MotoGP 第13戦 アラゴンGPの公式予選が9月11日（土）にモーターランド・アラゴンで行われ、フランチェスコ・バグナイア（Ducati Lenovo Team）がポールポジションを獲得した。気温21度、路面温度26度のドライコンディションの中、フランチェスコ・バグナイアは、2015年に記録されたオールタイムラップレコード（1分46秒634）を更新する1分46秒322を記録して開幕戦カタールGP以来12戦ぶりにポールポジションを奪取した。
ドゥカティが1‐2番手フリー走行総合5番手のジャック・ミラーは0.366秒差の2番手。6戦ぶり4度目の1列目に進出すれば、フリー走行総合6番手のホルヘ・マルティンは0.556秒差の5番手。フリー走行総合10番手のエネア・バスティアニーニは、初めての公式予選2で0.956秒差の9番手。フリー走行総合11番手のヨハン・ザルコは0.966秒差の10番手。ファビオ・クアルタラロ11戦連続の1列目フリー走行総合1番手のファビオ・クアルタラロは0.397秒差の3番手。11戦連続12度目の1列目を維持。フリー走行総合2番手のアレイシ・エスパルガロは0.561秒差の6番手。フリー走行総合3番手のジョアン・ミルは0.840秒差の7番手。マルク・マルケスが予選最高位レースシミュレーションのフリー走行4で週末2度目の1番時計を刻んだフリー走行総合8番手のマルク・マルケスは0.414秒差の4番手。3戦連続6度目の2列目、今季の予選最高位に進出すれば、フリー走行総合7番手のポル・エスパルガロは0.872秒差の8番手。フリー走行総合9番手の中上貴晶は1.044秒差の11番手。フリー走行総合18番手のブラッド・ビンダーは、3戦連続6度目の公式予選2で1.610秒差の12番手だった。順位ライダーチームマシンタイム1F・バニャイアDucati Lenovo TeamDucati1'46.3222J・ミラーDucati Lenovo TeamDucati1'46.6883F・クアルタラロMonster Energy Yamaha MotoGPYamaha1'46.7194M・マルケスRepsol Honda TeamHonda1'46.7365J・マルティンPramac RacingDucati1'46.8786A・エスパルガロAprilia Racing Team GresiniAprilia1'46.8837J・ミルTeam SUZUKI ECSTARSuzuki1'47.1628P・エスパルガロRepsol Honda TeamHonda1'47.1949E・バスティアニーニEsponsorama RacingDucati1'47.27810J・ザルコPramac RacingDucati1'47.28811中上貴晶LCR Honda IDEMITSUHonda1'47.36612B・ビンダーRed Bull KTM Factory RacingKTM1'47.93213I・レクオーナTech 3 KTM Factory RacingKTM1'47.50814A・マルケスLCR Honda CASTROLHonda1'47.54215C・クラッチローMonster Energy Yamaha MotoGPYamaha1'47.61316D・ペトルッチTech 3 KTM Factory RacingKTM1'47.70817L・マリーニSKY VR46 EsponsoramaDucati1'47.74118M・オリベイラRed Bull KTM Factory RacingKTM1'47.75019M・ビニャーレスAprilia Racing Team GresiniAprilia1'47.76420A・リンスTeam SUZUKI ECSTARSuzuki1'47.79021V・ロッシPetronas Yamaha SRTYamaha1'47.86322J・ディクソンPetronas Yamaha SRTYamaha1'48.146