ホンダは、内燃機関のアップグレードに2トークンを使用。だが、F1マレーシアGPではフェルナンド・アロンソだけがアップデート版エンジンを走らせる。ホンダは、F1マレーシアGPでアップグレード版エンジンを投入するかを確定していなかったが、木曜日にセパンで判断した。フェルナンド・アロンソは9基目のエンジン、ターボ、MGU-H、エネルギーストア、コントロールエレクトロニクスを交換。合計で30グリッド降格ペナルティを科せられる。
1トークンは、エンジンブロックのアップデートに使用。信頼性と耐久性の向上を目的としつつ、重量を減らしたことによるパフォーマンスのゲインも狙っている。もう1トークンは、エキゾーストのアップデートに使用された。ホンダは、金曜日のフリー走行でフェルナンド・アロンソのマシンにアップデート版パワーユニットを搭載する予定であり、午後に使用を継続するかどうかを判断する。最優先とされるのは、アップデート効果の確認であり、金曜日だけアップデート版エンジンを使用し、土曜日には旧スペックに戻されることになっている。フェルナンド・アロンソは、レース週末に新しいエンジンを継続する可能性を完全には否定していないが、それはホンダの計画ではないため、実現することはないと考えられている。ジェンソン・バトンはマレーシアでアップデートを得ることはなく、ホンダはホームグランプリでペナルティを避けたいと考えているため、次戦F1日本GPで搭載するかは未定となっている。ホンダは、シーズン末までに全てのエンジン開発トークンを使うことを望んでいたが、最後の1トークンを使うことなくシーズンを終えると見られている。関連：2016 F1マレーシアGP テレビ放送時間＆タイムスケジュール