2021年のMotoGP 第3戦 ポルトガルGPの公式予選は4月17日（土）にアウトードロモ・インテルナシオナル・ド・アルガルヴェで行われ、ファビオ・クアルタラロ（Monster Energy Yamaha MotoGP）を獲得した。気温23度、路面温度36度のドライコンディションの中、ファビオ・クアルタラロはコースレコードを更新する1分38秒862をマーク。昨年10月の第11戦アラゴンGP以来7戦ぶり11度目、キャリア通算14度目のポールポジションを奪取した。
2番手にはアレックス・リンス（Team SUZUKI ECSTAR）、3番手にはヨハン・ザルコ（Pramac Racing）が2戦連続の1列目を確保した。マルク・マルケス（Repsol Honda Team）は6番手。中上貴晶（LCR Honda IDEMITSU）は、フリー走行2回目の転倒が原因で胸部と鎖骨の痛みを訴えて、走行をキャンセルした。順位ライダーチームマシンタイム1 F・クアルタラロ Monster Energy Yamaha MotoGPYamaha 1'38.8622 A・リンスTeam SUZUKI ECSTARSuzuki 1'38.9513 J・ザルコ Pramac RacingDucati 1'38.991 4 J・ミラー Ducati Lenovo TeamDucati 1'39.0615 F・モルビデリ Petronas Yamaha SRTYamaha 1'39.1036 M・マルケスRepsol Honda TeamHonda 1'39.1217 A・エスパルガロ Aprilia Racing Team GresiniAprilia 1'39.169 8 L・マリーニ SKY VR46 EsponsoramaDucati 1'39.3869 J・ミルTeam SUZUKI ECSTARSuzuki 1'39.39810 M・オリベイラ Red Bull KTM Factory RacingKTM 1'39.44511 F・バニャイア Ducati Lenovo TeamDucati 1'39.4８２12 M・ビニャーレス Monster Energy Yamaha MotoGPYamaha 1'39.80713 A・マルケス LCR Honda CASTROLHonda1'39.530 14 P・エスパルガロ Repsol Honda TeamHonda 1'39.71015 B・ビンダーRed Bull KTM Factory RacingKTM 1'39.77616 E・バスティアニーニ Esponsorama RacingDucati 1'39.85517 V・ロッシ Petronas Yamaha SRTYamaha 1'39.94318 D・ペトルッチ Tech 3 KTM Factory RacingKTM 1'40.20219 I・レクオーナ Tech 3 KTM Factory RacingKTM 1'40.40820 L・サバドーリ Aprilia Racing Team Gresini Aprilia 1'40.44421 中上貴晶 LCR Honda IDEMITSUHonda 1'40.611