1998年3月、ホンダはF1レース活動復帰に向けて、具体的な検討に入ったことを公表した。今度は第2期のエンジン開発・供給体制に加えて、新たに車体の開発・製造、およびチーム運営までを含めた総合的なレース活動を行うことを目指し、厳しい極限へのチャレンジを通じた若い技術者の育成、最先端技術の蓄積を狙いとした。そして、2000年よりF1復帰。参戦2年目の若いチームB・A・R(ブリティッシュ・アメリカン・レーシング)とパートナーシップを組み、エンジン供給および車体の共同開発という新たなスタイルでのF1参戦となった。
若いチームと一緒にチャンピオンシップを獲得するという目標は、とてもチャレンジングであったが、ホンダが休止していた8年間のF1世界の技術進歩は凄まじく、トップチームと争えるようになったのは、参戦5年目の04年シーズンになってからであった。この年は、ジェンソン・バトンと佐藤琢磨の体制で、オフシーズンのテストから好調さをみせていた。B・A・R ホンダは、バトンが第2戦での3位表彰台獲得をはじめ、4度の2位を含むシーズン10度の表彰台登壇を果たした。その結果、バトンはドライバーズランキング3位を獲得した。一方の佐藤琢磨も、第3戦で5位入賞を果たすと、第9戦アメリカGPでは、日本人ドライバーとして実に14年ぶりとなる3位表彰台を獲得。シーズン9度の入賞で、ドライバーズランキング8位となった。これにより、B・A・R ホンダはコンストラクターズランキング2位を獲得した。翌2005年は、誰もが第3期の初優勝を期待したが、バトンがポールポジション1回、3位表彰台2回を獲得するに止まり、コンストラクターズランキング6位、ジェンソン・バトンがドライバーズランキング9位、佐藤琢磨がランキング23位という、残念な結果でシーズンを終えた。そして2006年、38年ぶりにホンダ単独のチームとしてエントリーする新生ホンダ・レーシングF1チームは、ジェンソン・バトンとルーベンス・バリチェロの新体制でシーズンに臨んだ。また、鈴木亜久里代表率いる新チーム「スーパアグリF1チーム」にエンジン供給を決めた。そして、8月6日ハンガリーGPで、バトンが遂に自身初優勝を果たし、チームに記念すべき初勝利をもたらした。ホンダワークスチームとしての優勝は、67年第9戦イタリアGPでジョン・サーティースが獲得して以来、実に39年ぶりの優勝であった。単独のワークス・チームとして参戦する2年目のシーズンとなった2007年、ホンダ・レーシングF1チームはジェンソン・バトンとルーベンス・バリチェロ、そしてサードドライバーに新たにクリスチャン・クリエンを迎え、シーズンに挑んだ。マシンでは、新レギュレーションによりエンジンの開発がほぼ凍結され、最高1万9000回転に制限されるという新たなチャレンジとなったシーズン、ホンダはV8エンジンRA807Eを搭載したニューマシンRA107を投入。地球環境への取り組みをテーマにした、“地球”カラーのデザインも注目を集めた。シーズン開幕後は、空力のセッティングに苦しみ、第7戦アメリカGPまでポイントなし、という苦しい展開が続く。しかし6月のヘレステストをきっかけにレースペースに改善を見せ、8戦目のフランスGPではバトンが8位入賞、今季初のポイントを獲得した。その後もアクシデントやマシントラブルに悩まされるが、第13戦イタリアGPではバトンが再び8位入賞を果たすなど、徐々に調子を上げる。そして第16戦中国GPではバトンが力強い走りで今季最高となる5位を獲得。この結果、今季のコンストラクターズ・ランキングは8位となった。ドライバーズ・ランキングではバトンが6ポイントで15位、バリチェロは無念の0ポイントで20位という結果に終わった。一方のスーパアグリF1チームは、佐藤琢磨が第6戦カナダGPで6位入賞を果たすなど、2年目のシーズンで善戦を見せた。単独ワークス・チームでの参戦3年目。ホンダ・レーシングF1チームは、ジェンソン・バトンとルーベンス・バリチェロに加え、リザーブドライバーにアレックス・ブルツという体制。昨年11月にはチームプリンシパルにロス・ブロウンを迎え、その指揮下で開発が進められたニューマシン「RA108」でシーズンに挑んだ。開幕戦はリタイアが相次ぐ波乱の展開となった。完走したマシンが7台というレースで、バリチェロは6位でフィニッシュするもピットレーンでの赤信号無視の違反で失格。バトンも1周目でマシンにダメージを受けてリタイアに終わる。第2戦、第3戦も苦しいレースが続く。しかし、第4戦スペインGPでは、空力とサスペンションの変更が奏し、バトンが6位に入って今季初のポイントを獲得した。一方、スーパーアグリF1チームは、第4戦スペインGPで佐藤琢磨が終盤、追突で潰れたノーズのまま、自車より圧倒的に速いレッドブルのデビッド・クルサードを数周に渡って抑え続けた。最終的にはオーバーテイクを許して完走したドライバーの中では最下位の13位に終わったが、その姿は撤退が濃厚と噂されていたスーパーアグリとしての最後の意地でもあった。そして、5月6日、鈴木亜久里はスーパーアグリのF1からの撤退を発表。次戦のトルコGPにも参加しないことを同時に表明し、チームは、3年という短さで幕を閉じた。ルーバンス・バリチェロも第6戦、第7戦と2戦連続で入賞を果たし、徐々にパフォーマンスを発揮し始める。そして、第9戦イギリスGPでは、バリチェロが悪天候のレースの中でマシンの能力を最大限に引き出して3位。チームに2006年最終戦ブラジルGP以来、バリチェロにとってはホンダ移籍後初、自身のF1キャリアでは通算62回目の表彰台を獲得した。しかし、その後のレースで入賞を果たすことはできず、ホンダは今季のコンストラクターズ・ランキング9位。ドライバーズ・ランキングではバリチェロが11ポイントで14位、バトンは3ポイントで18位という結果に終わった。12月5日、ホンダは2008年をもってF1レース活動から撤退することを発表した。
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