ビニャーレスが3番手獲得もペナルティで6番手に、ロッシは4番グリッドから決勝へMonster Yamaha MotoGPのマーベリック・ビニャーレスとバレンティーノ・ロッシはウイーク2日目にスピードアップ。Q2ではそれぞれ3番手と5番手と好位置を獲得したが、ビニャーレスにペナルティが課せされ6番グリッドに降格となり、ロッシはグリッド4番手から決勝を迎えることとなった。
ビニャーレスはQ2の最初のアタックで1分40秒007を記録して暫定トップ。次のラップではふたつのセクションを好調に抜けるも、第3セクションで遅れてタイム更新はならなかった。ピットインの頃には7番手まで後退したが、約2分後、ニュータイヤに履き替えてにコースに戻る。ほとんどのライダーがピットにおり十分なクリアスペースの中で果敢にペースアップを図り、3つのセクションを好調に抜けると1分39秒710へと更新して一時トップに浮上した。そのあとライバルが上回り、トップから0.226秒差の3番手でセッションを終了した。一方のロッシはビニャーレスよりやや遅れてアタックを開始し、徐々にペースを上げてゆくなかで10番手、6番手と着実にポジションアップ。残り5分半でピットに戻り、1分弱で作業を終えると2度目のアタックに臨んだ。すぐさま1分39秒753を記録して5番手に上がり、最後の1ラップでさらに短縮を目指したが叶わなかった。この結果、トップから0.269秒差の5番手となった。Q2セッション終了後、大会主催者はビニャーレスに対し、レースラインをスロー走行し他車を妨害したとして3ポジションダウンのペナルティを決定。これによりビニャーレスは6番グリッドとなり、ロッシはグリッド4番手からのスタートとなる。クアルタラロが今季2度目のポールポジション獲得PETRONAS Yamaha Sepang Racing Teamが予選も好調をキープ。ファビオ・クアルタラロがMotoGPで2度目のポールポジションを獲得し、チームメイトのフランコ・モルビデリもフロントローに100分の1秒差の4番手と健闘した。PETRONAS Yamaha SRTのふたりはフリープラクティス第3セッションでハイペースを披露。クアルタラロは第2コーナーで軽い転倒があったものの1分39秒583の好タイムで2番手。一方のモルビデリはセッション終盤、第13コーナーでの転倒が影響して13番手に留まりQ2進出を逃していた。迎えた予選、Q2に臨んだクアルタラロは、2度目の走行で1分39秒484を記録してスペインGPに続く2度目のポールポジションを獲得。モルビデリはQ1を1分39秒727のトップで終えてQ2に進出すると、今季2度目のフロントロースタートにはわずかに届かなったものの、1分39秒711で4番手と健闘した。なお予選終了後、ビニャーレスに3ポジションダウンのペナルティが課せられたことによりモルビデリはポジションを一つ上げ、3番手、フロントローからスタートすることとなった。Monster Energy Yamaha MotoGPバレンティーノ・ロッシ (予選5番手/1分39秒753)「ヤマハの速さと強さを証明することができました。午前中のフリープラクティスは昨日の最後の状態からスタートして、ペースもマシンのフィーリングも上々でした。午後は気温が上がりより難しくなりましたが、最終的にはグリッド2列目を獲得できたので満足しています。これからタイヤを決めなければなりませんが、ライバルたちはおそらく、それぞれ様々なコンビネーションを選択してくるでしょう。私たちもじっくり考えて最善のチョイスをしたいと思います」マーベリック・ビニャーレス (予選3番手/1分39秒710)「方向性を変えたことが功を奏し、フィーリングが格段によくなりました。明日も効果を発揮し、結果につなげてくれることを期待しています。フロントロースタートの準備は整っています。ムジェロのときとはマシンの状態がかなり違っているので難しいところもありますが、とにかくコンスタントな走りを心がけ、前へ出て行き、ライバルたちとトップ争いを展開するためにベストを尽くします。ペナルティ決定後:チェッカーフラッグを見誤りました。決して故意や悪意で行ったことではないのでペナルティはシビアだと感じていますが、このようになってしまったのですから受け入れるしかありません。当然うれしくないことですが、弁解はありません。グリッド6番手からのスタートも悪くはないし、フロントローからわずか数メートルですから好スタートを決められれば問題ないでしょう。最初のセクションでトップを目指します」マッシモ・メレガリ (チーム・ディレクター)「今日、一日でまた数歩、前進。ビニャーレスとロッシが揃ってQ2へ進出したので、フリープラクティス第4セッションは決勝用セッティングに集中することができました。ふたりともすべてのセッションで順調で、予選結果を見れば明日の決勝にも大いに期待できます。ビニャーレスがペナルティを受けてグリッド6番手となったことは残念ですが、私たちとしては受け入れるしかありません。ふたりが2列目からスタートすることになり、ますます熾烈な戦いが予想されるなかで、100%の力を注いでプッシュしていくだけです。滑りやすい路面とタイヤの消耗がレースを左右することになるので、タイヤが非常に重要。ウォームアップと決勝ではコンディションが異なりますが、そこで最後の調整を行い、ふたりがトップを目指せるマシンに仕上げたいと思っています」PETRONAS Yamaha Sepang Racing Teamファビオ・クアルタラロ (予選トップ/1分39秒484)「言葉が見つかりません。2ラップにわたり好タイムを記録。午前中も午後もずっと好調でした。今日の自分の走りにとても満足していますし、先週の手術のあと順調に回復してここに来られたことをうれしく思います。腕の状態はまったく問題ありませんでしたが、明日はどうなるか様子を見ていなければなりません。チームのみんなの努力に感謝します。とても幸せな気持ちです」フランコ・モルビデリ (予選4番手/1分39秒711)「フリープラクティス第3セッションと第4セッションの間に、チームがマシンを修復してくれました。転倒で痛みがあり、午後からの走行が可能かどうかわからない状態でしたが、検査の結果、問題がなくフリープラクティス第4セッションとQ1で最高の走りができました。ここまでペースはとても順調ですが、明日は路面コンディションとマシンの挙動に十分に注意を払わなければなりません。今晩の作業のなかで、もう少し改善を図って決勝に備えます。クアルタラロとそのスタッフに、ポールポジション獲得をお祝いします」